La crypte abrite les vestiges de l’abside de l’église carolingienne de l’abbé Fulrad, consacrée en 775.
Il s’agit d’une crype-martyrium, souvenir de l’emplacement des reliques de saint Denis et de ses compagnons, qui y furent conservées jusqu’au XIIème siècle.
Les baies qui ouvraient sur un couloir annulaire ont gardé des traces de polychromie.
La chapelle centrale, édifiée à l’est du chevet carolingien possède des chapiteaux historiés, rare témoignage de la sculpture romane en Ile-de-France.
Caveau des Bourbons du XVIIème siècle à la Révolution, elle abrite les corps de Louis XVI, Marie-Antoinette et Louis XVIII, ainsi que ceux de Louis XII et de Louise de Lorraine.
La crypte du XIIème siècle est celle construite par Suger pour asseoir solidement le chevet de la nouvelle église.
Dans l’ossuaire reposent désormais les cendres des rois.
